We are searching data for your request:
Upon completion, a link will appear to access the found materials.
jeg brugerVMDat visualisere den sekundære struktur af protein.
Banerne er fra min Gromacs-simulering. For det første bruger jegFil - Nyt molekyle...at indlæseprotein.grofil. For det andet bruger jegFil - Indlæs data i molekyle...at indlæse minprotein.xtcbaner.
Så bruger jegTegneserieat visualisere strukturen. Mens jeg trækker tidsrammerne, forbliver alle de sekundære strukturer (f.eks. alpha-helix, beta-sheet) de samme. Men jeg er ret sikker på, at nogle af dem ændrer sig, når jeg ser nærmere påTidslinjeanalyse for sekundær struktur.
Så hvordan man brugerVMDat se de sekundære strukturer på forskellige tidsrammer?
Mange tak for @Stefans hjælp! Det virker endelig! Så følg Stefans guide, og udskift denmolidmed nummeret underIDiVMD hoved.
Som Martin påpegede, opdaterer VMD ikke sekundær strukturindhold i løbet af en MD-bane. Du kan nemt gøre dette i VMD ved at bruge SSCache-scriptet:
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/scripts/sscache/sscache.tcl
Jeg tror faktisk, at den leveres med de nyeste versioner af VMD, men jeg er ikke helt sikker; selv hvis ikke, kan du nemt hente det:
Udvidelser > Tk-konsol (indtast i konsollenkilde Downloads/sscache.tcl(eller hvor du nogensinde har gemt scriptet)). Når du har hentet scriptet, vil den nemmeste ting at gøre være at indlæse din topologi og bane og (i Tk-konsollen) udstede kommandoenstart_sscache molid, selvom jeg råder til at se på eksemplerne og mulighederne i scriptet.
Animering af den sekundære struktur i VMD
De sekundære strukturdefinitioner for molekylerne i VMD ændres ikke under en animation, men de kan fås til at gøre det med et spor på vmd_frame($molecule) Tcl-variablen. Den nemmeste måde er at ringe vmd_beregn_struktur(molekyle) hver gang rammen ændres...
